โรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ตั้งขึ้นตามนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการยกระดับและพัฒนามาตรฐานทางการกีฬาให้ทัดเทียมนานาอารยประเทศ ด้วยการส่งเสริมการกีฬาอย่างกว้างขวางและทั่วถึงตลอดจนเสริมสร้างคุณภาพชีวิตและพัฒนามาตรฐานการกีฬาให้มีขีดความสามารถใน การเข้าร่วมการแข่งขันกีฬากับนานาชาติได้ดียิ่งขึ้น ประกอบกับคณะรัฐมนตรีมีมติ เมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม ๒๕๓๒ ให้ประเทศไทยรับเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันกีฬาเอเชียนเกมส์ ครั้งที่ ๑๓ ในปี พ.ศ. ๒๕๔๑ และการแข่งขันกีฬาโอลิมปิค
ในปี พ.ศ.๒๕๔๗ โดยกรมพลศึกษาในขณะนั้นได้รับมอบหมายให้ศึกษาสภาพปัญหาในการพัฒนาการพลศึกษาและการกีฬาทั้งของประเทศไทยและต่างประเทศ เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินงาน ส่งเสริม และพัฒนามาตรฐานการกีฬาและจัดทำโครงการรายละเอียดเสนอต่อกระทรวงศึกษาธิการและคณะรัฐมนตรีตามลำดับ กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนกีฬาแห่งแรก ในปี พ.ศ. ๒๕๓๓ คือ โรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี ซึ่งเป็นโรงเรียนกีฬาเต็มรูปแบบ และต่อมาคณะรัฐมนตรีได้มีมติเห็นชอบในหลักการของโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬารูปแบบประหยัดให้ครบทุกเขตการศึกษา เมื่อวันที่ ๕ ตุลาคม ๒๕๓๖ และต่อมาก็ได้มีมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๒๑ มกราคม ๒๕๓๗ ให้จัดตั้งโรงเรียนกีฬารูปแบบประหยัดขึ้น ๓ แห่ง เพื่อเป็นการนำร่อง ได้แก่ โรงเรียนกีฬาจังหวัดขอนแก่น โรงเรียนกีฬาจังหวัดอุบลราชธานี และโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครศรีธรรมราช โดยให้เปิดสอนตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๓๘ เป็นต้นไป
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๘
สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดนครสวรรค์ คือ นายภิญโญ นิโรจน์
ได้ประสานงานกับกรมพลศึกษาเพื่อดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
(เขตการศึกษา ๗)
ซึ่งทางกรมพลศึกษาได้ส่งเจ้าหน้าที่เดินทางมาสำรวจพื้นที่ในจังหวัดนครสวรรค์และเห็นชอบที่
จะดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาขึ้นที่จังหวัดนครสวรรค์ และเมื่อวันที่ ๑๙ ธันวาคม
๒๕๔๐ กระทรวง ศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ขึ้น
โดยให้เปิดทำการเรียนการสอน ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๔๑ เป็นต้นไป
เมื่อวันที่ ๒๗ ธันวาคม ๒๕๔๐
กรมพลศึกษา โดย รศ.ดร.ทองคูณ หงส์พันธุ์ อธิบดีกรมพลศึกษา ได้เดินทางมาจัดการประชุมประชาพิจารณ์โครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาขึ้นในปีงบประมาณ
๒๕๔๑ ที่สนามกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ถนนพหลโยธิน อำเภอเมือง จังหวัดนครสวรรค์
โดยการสนับสนุนของนายภิญโญ นิโรจน์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดนครสวรรค์
นายสมเจตน์ วิริยะดำรงค์ ผู้ว่าราชการจังหวัดนครสวรรค์
อนุญาตให้ใช้บริเวณสนามกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ และอาคารยิมเนเซียม ๔,๐๐๐ ที่นั่ง เป็นอาคารสำนักงานชั่วคราว และนายถาวร นิโรจน์
นายกเทศมนตรีนครนครสวรรค์ ได้ปรับปรุงชั้นล่างของโรงยิมเนเซียม ๔,๐๐๐ ที่นั่ง เป็นที่พักสำหรับนักเรียน สร้างอาคารชั่วคราวสำหรับอาบน้ำ
โรงซักรีด
โรงครัวและขอรับการสนับสนุนสถานที่ฝึกกีฬารวมทั้งอาคารกีฬาของการกีฬาแห่งประเทศไทย
เขต ๖ นครสวรรค์
เป็นสถานที่ฝึกสอนกีฬาให้กับนักเรียนโรงเรียนกีฬาสำหรับการศึกษาได้รับการสนับสนุนจากสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดจัดโรงเรียนร่วมโครงการระหว่างกรมสามัญศึกษากับกรมพลศึกษา
รวม ๔ โรงเรียน โดยนักเรียนเดินทางไปเรียนวิชาสามัญตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ
ในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นและมัธยมศึกษาตอนปลายที่โรงเรียนนครสวรรค์
โรงเรียนนวมินทราชูทิศมัชฌิม โรงเรียนจิรประวัติวิทยาคม และโรงเรียนสตรีนครสวรรค์
ต่อมากรมพลศึกษาได้มีคำสั่งที่
๒๓๐๗/๒๕๔๐ ลงวันที่ ๓๐ ธันวาคม ๒๕๔๐ แต่งตั้งให้ นายกอบกู้ ตะนาวศรี
ผู้ช่วยผู้อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดลำปาง
มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโครงการ จัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
และแต่งตั้งให้ ๑. นายปราโมทย์ พงษ์ไชย อาจารย์ ๒ ระดับ ๗
วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดสุพรรณบุรี ๒. นายไพฑูรย์ ประเสริฐทรัพย์ อาจารย์ ๒ ระดับ ๗
วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดสุโขทัย ๓. นายนรินทร์ สุทธิศักดิ์ อาจารย์ ๒ ระดับ ๖
วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดอ่างทอง ๔. นายสุชาติ สุดประเสริฐ ศึกษานิเทศก์ ๗
กรมพลศึกษา ประจำจังหวัดพิษณุโลก
มาปฏิบัติหน้าที่ผู้ช่วยผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์กรมพลศึกษามอบหมายให้โรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
รับสมัครนักเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และมัธยมศึกษาตอนปลาย ระหว่างวันที่ ๑๒ -
๓๐ มกราคม ๒๕๔๑ และเปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่วันที่ ๑ พฤษภาคม ๒๕๔๑
โดยมีชนิดกีฬา ที่เปิดการสอนจำนวน ๗ ชนิดกีฬา ได้แก่ กรีฑา เซปักตะกร้อ ฟุตบอล
เทนนิส ยกน้ำหนัก ยูโด และว่ายน้ำ ซึ่งหลังจากปีการศึกษา ๒๕๔๑
โรงเรียนได้เปิดการเรียนการสอนเพิ่มอีกจำนวน ๓ ชนิดกีฬา ได้แก่ กอล์ฟ จักรยาน
และมวยสากลสมัครเล่น จนกระทั่งเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๔ นายสุทธิ ผลสวัสดิ์
อธิบดีกรมพลศึกษา ได้มีนโยบายเรื่องการเปิดการเรียนการสอนชนิดกีฬาต่าง ๆ
ของโรงเรียนกีฬาทุกแห่ง ไม่ควรเปิดสอนเกิน ๕ ชนิดกีฬา
ซึ่งนโยบายนี้ได้ให้ไว้เมื่อครั้งที่มีการประชุมผู้บริหารของโรงเรียนกีฬาทุกแห่งในระหว่างการดำเนินการจัดการแข่งขันกีฬาโรงเรียนกีฬาฯ
แห่งประเทศไทยครั้งที่ ๕ ณ สนามกีฬา ๗๐๐ ปี จังหวัดเชียงใหม่ หลังจากนั้น
นายกอบกู้ ตะนาวศรี ผู้อำนวยการโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
ได้นำนโยบายดังกล่าวมาเข้าที่ประชุมคณะกรรมการบริหาร
ของโรงเรียนซึ่งคณะกรรมการของโรงเรียนได้มีมติเห็นพ้องกันว่า
ชนิดกีฬาที่ควรจะเปิดสอน ๕ ชนิดกีฬานั้น ได้แก่ กรีฑา เซปักตะกร้อ ฟุตบอล
มวยสากลสมัครเล่น และยกน้ำหนัก โดยเริ่มตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๔๕ เป็นต้นไป
ต่อมารัฐบาลโดยการบริหารของ ฯพณฯ
พ.ต.ท. ดร.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ได้มีการปฏิรูปโครงสร้างการบริหารงานซึ่งได้มีการตราพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง
ทบวง กรม พ.ศ. ๒๕๔๕ ได้บัญญัติให้จัดตั้งกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาขึ้น
และพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง
ทบวง กรม พ.ศ. ๒๕๔๕ บัญญัติ ให้โอนบรรดากิจการ อำนาจหน้าที่ ทรัพย์สิน งบประมาณ
หนี้ สิทธิ ภาระผูกพัน ข้าราชการ ลูกจ้าง และอัตรากำลังของกรมพลศึกษา
กระทรวงศึกษาธิการบางส่วนมาเป็นของกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาทำให้โรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
ต้องย้ายสังกัดจาก กรมพลศึกษา กระทรวงศึกษาธิการเดิม มาสังกัด สถาบันพัฒนาบุคลากร
สำนักงานพัฒนาการกีฬาและนันทนาการ กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา
ต่อมาได้มีคำสั่งสำนักงานพัฒนาการกีฬาและนันทนาการ ที่ ๒๕๔/๒๕๔๖ เรื่องให้ข้าราชการครูรักษาราชการแทน โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๓๒ และ ๔๗ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. ๒๕๓๔ และแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน ฉบับที่ ๕ พ.ศ. ๒๕๔๕ จึงให้นายเพิ่มพร บุพพวงษ์ ตำแหน่งผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี รักษาราชการแทนผู้อำนวยการโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ตั้งแต่วันที่ ๑๗ เมษายน ๒๕๔๖ เป็นต้นไป จนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลงเป็นอย่างอื่นสั่ง ณ วันที่ ๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๖ โดยนายทินกร นำบุญจิตต์ ผู้อำนวยการสำนักงานพัฒนาการกีฬาและนันทนาการ และโรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี ได้มีหนังสือส่งตัวนายเพิ่มพร บุพพวงษ์ มาปฏิบัติหน้าที่ราชการในโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ในตำแหน่งผู้อำนวยการ ซึ่งได้รับการแต่งตั้ง ตั้งแต่วันที่ ๒๘ เมษายน ๒๕๔๖ ถึงวันที่ ๑๑ พฤศจิกายน ๒๕๕๒ และเมื่อวันที่ ๑๒ พฤศจิกายน ๒๕๕๒ ได้มีคำสั่งจากสถาบันการพลศึกษาแต่งตั้ง นายกอบกิจ ธรรมานุชิต มาปฏิบัติหน้าที่ราชการโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ในตำแหน่ง ผู้อำนวยการ จนถึงวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๙ และได้มีคำสั่งจากสถาบันการพลศึกษาแต่งตั้ง นายปลวัชร รุจิรกาล มาปฏิบัติหน้าที่ราชการโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์ ในตำแหน่ง ผู้อำนวยการ จนถึงปัจจุบัน
ตราประจำโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
เป็นรูปพระพลบดีทรงช้างเอราวัณอยู่เหนือก้อนเมฆซ้อนทับอยู่บนเครื่องหมายสามห่วง(เขียว
ขาว เหลือง) บรรจุอยู่ในวงรี
พื้นสีน้ำเงินขอบนอกเป็นสีเหลืองทองมีชื่อสถาบันการพลศึกษาอยู่ที่ส่วนบน และชื่อโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์อยู่ที่ส่วนล่างของขอบสีเหลือง
และมีลายประจำยามอยู่ทั้งสองด้านระหว่างชื่อสถาบันการพลศึกษากับชื่อโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครสวรรค์
และลายประจำยามเป็นสีเขียว ขอบนอกของตราเป็นสีน้ำเงินขนาดเล็ก